Janeiro de 1999: a maga aprendiz Azaka Kokutou, irmã mais nova de Mikiya, recebe ordens de sua mentora, Touko Aozaki, para investigar um certo incidente em que fadas roubam as memórias das alunas na escola de Azaka, a Academia Reien. Azaka lança uma investigação com a ajuda de Shiki.
